Будет — если не обеспечить достаточную дифференциацию. Яндекс активно выявляет и фильтрует аффилированные сайты с 2009 года.
Что проверяет Яндекс
- Совпадение контента на > 60%
- Общие контактные данные (телефон, адрес, юрлицо)
- Одинаковые шаблоны и дизайн
- Перекрёстные ссылки
- Общий Яндекс.Вебмастер / Метрика аккаунт
- Общий IP-адрес хостинга
Как избежать фильтра при реальном присутствии в регионах
- Разные юрлица: ИП или ООО в каждом регионе
- Разные контакты: местный телефон, реальный адрес
- Уникальный контент: минимум — уникальные title, H1, описания. Идеал — уникальные тексты
- Разные CMS или шаблоны: хотя бы другая тема/дизайн
- Разные хостинги и IP
- Отдельные аккаунты Метрики и Вебмастера
- Никаких перекрёстных ссылок
Альтернатива
Часто выгоднее один сильный сайт с поддоменами для регионов, чем 5 отдельных слабых. Поддомены — легальный и поддерживаемый Яндексом способ регионального продвижения. И ресурсов требует в 5 раз меньше.